宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亞·阿茲納布爾對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆羅·雷與其所屬的朗德·貝爾艦隊一起與夏亞所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...