故事發生在被天空之壁分為三區塊的假面騎士Build的世界，這里竟然出現了假面騎士Ex-Aid世界的敵人崩源體。面對神秘敵人而毫無應對方法的桐生戰兔，他一籌莫展之時一個身體半邊被金屬覆蓋的神秘男人在他眼前登場。 面對前所未有的危機，能拯救人類的只有那群假面騎士。凌駕前作的規模，前所未見的動作場面，不該有交集的英雄們終于相遇。謎團重重的故事即將解開……