2130年，受第三次世界大戰的影響，日本各地均出現了被稱為“BS（Black Spot）”的巨大污染區域。“BS”被作為廢墟用巨大墻壁隔離，然而不久，這荒蕪的大地出現了居民。他們被住在“城市（City）”里的人稱為“無用者（Needless）”，而當中也有特殊能力者存在。故事的開端是名為庫魯斯·西爾特的少年，他與他的姐姐亞路佳·西爾特所屬的反抗組織的目標是從西美翁的暴力統治中解放“BS”。在一次埋伏亞當·阿庫萊特的戰斗中反抗組織被反埋伏且被全數攻破，在逃亡過程中庫魯斯的姐姐因保護弟弟不幸陣亡，庫魯斯只身一人逃進地下水道。眼看追兵將至，已放棄希望的庫魯斯遇到了與阿庫萊特相貌及其相似的亞當·布雷特，后者將他救出，后庫魯斯和布雷特后來來到了教會，并且遇見了眾多同伴，以此為契機，庫魯斯開始了在教會的生活和戰斗。